Khi tình trạng của Anna ngày càng tồi tệ, Miller thông báo cho đội rằng tôi và ông phải đi một mình đến thành phố Novosibirsk để cố gắng tìm kiếm loại huyết thanh được phát triển ở đó. Idiot thông báo các bản đồ bức xạ thu được trong hầm trú ẩn ở Caspian Sea cho thấy Novosibirsk có mức độ phóng xạ có thể gây chết người, còn tệ hơn ở Moscow. Miller giao nhiệm vụ cho đội còn lại tìm kiếm một bảo tàng đường sắt gần đó để lấy các phụ kiện nâng cấp thiết yếu cho Aurora, chuẩn bị cho mùa đông sắp tới, trong khi ông và tôi sẽ tìm kiếm thuốc giải độc trong thành phố phóng xạ.

Sau khi nâng cấp chỉnh sửa xe tải của Saul, chúng tôi lên đường tìm viện nghiên cứu nơi có thứ thuốc quý giá đo. Tuy nhiên, liều lượng lớn phóng xạ và những con đường bị chặn quá nặng nề buộc chúng tôi phải đi vào thành phố dưới lòng đất. Càng đi sâu hơn vào hệ thống tàu điện ngầm của thành phố, chúng tôi càng bắt gặp những dị nhân quen thuộc, cũng như phần còn lại đang phân hủy sau trận chiến, phản chiếu khu Metro quen thuộc ở Moscow.

Chúng tôi phát hiện ra một cậu bé, Kiril, sống dưới lòng đất, cậu bé nói những người còn lại đã có thể tồn tại lâu nhờ vào một loại thuốc chống phóng xạ, được gọi là the green stuff. Kiril báo cáo với chúng tôi về tình hình chung, trong đó nguồn cung bị suy giảm đã dẫn đến sự sụp đổ của Metro, chỉ có cậu bé và cha cậu sống sót. Trong nơi ẩn náu, cậu nói cơ sở liên lạc vệ tinh của thành phố đã tồn tại được qua chiến tranh và đã được lập địa đồ chi tiết nhiều hơn so với cơ sở ở Caspian để có thể tồn tại lâu hơn nữa.

“Binh bét Kirill Khelbnikov, đơn vị Phản ứng nhanh OSKOM. Và ông sẽ không cạy miệng tôi được một lời nào, vì vậy ông có thể giết tôi ngay lập tức! “ – Kirill

Miller và tôi tách ra, Miller hướng đến trung tâm Sat-Com để tìm các bản đồ vệ tinh còn tôi tìm trong Institute để lấy thuốc giải độc. Mặc dù phải chịu đựng quá nhiều phóng xạ và cả sự nguy hiểm của các dị nhân, chẳng hạn như bạn cũ Nosalise, những con giun khổng lồ, bọn dịch chuyển tức thời và chết chóc Blind Ones, nhưng tôi vẫn cố gắng tiến sâu vào Institute. Chiến đấu để vượt qua lũ dị nhân, cuối cùng tôi cũng tìm thấy chút huyết thanh cuối cùng, nhưng một con Blind Ones xông ra… Bị thương nghiêm trọng và chịu đựng bức xạ quá nhiều, tôi gục xuống bên ngoài Institute …

Trong khi đó, Miller lấy lại các bản đồ, trở về với Kiril và bắt đầu tìm tôi trong chiếc xe tải. Phát hiện tôi bị thương nặng, Miller sử dụng liều thuốc chống bức xạ còn lại cho tôi và lái xe chạy khỏi thành phố. Tuy nhiên, Miller không chịu nổi bức xạ và gục chết. Tôi tỉnh dậy và dù vẫn bị thương nặng, tôi cố gắng lái chiếc xe đi xa hơn trước khi bất tỉnh…

Tôi muốn sống, tôi không thể chết, tôi muốn đến nơi có biển xanh nắng vàng và cây cỏ mọc tươi tắn, tôi muốn gặp nàng, Anna…

Thức dậy vào buổi sáng, Kiril nghe thấy Aurora và đội dừng lại để lao tới giải cứu tôi và đem xác Miller đi. Katya nói rằng họ phải thực hiện truyền máu cho tôi nếu tôi muốn sống. Họ nói rằng huyết thanh đã cứu Anna, nàng đã hồi phục nhanh chóng, và ở đây, số phận của tôi lại bị lệ thuộc vào chính tôi.